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天然毒素的中毒由化学反应而起，通常会在一两个小时内出现状况;而大部分细菌性食物中毒，则须待细菌在体内大量繁殖后，才会引起中毒反应，因此会相隔较长的时间才发生。
第一类：豆类(如四季豆、红腰豆、白腰豆等)
毒素：植物血球凝集素。
病发时间：进食后1～3时内。
病症：恶心、呕吐、腹泻等。
红腰豆所含的植物血球凝集素会刺激消化道黏膜，并破坏其细胞，降低吸收养料的能力。如毒素进入血液，则会破坏红血球及其凝血作用，造成过敏反应。
研究发现，煮至80℃时的未全熟的红腰豆，豆内毒素反而会更高，因此必须煮得熟透才能吃。
第二类：木薯类植物的可食用根部
毒素：生氰葡萄糖苷。
病发时间：数分钟内。
病症：喉道收窄、恶心、呕吐、头痛等，严重者甚至死亡。
木薯的植物细胞含有这类毒素，如果未经烹煮或没煮熟，毒素会转化为不同物质，其中包括氰化氢，它会破坏细胞的呼吸作用，降低细胞的代谢能力，最终使细胞死亡。
第三类：竹笋
毒素：生氰葡萄糖苷。
病发时间：数分钟内。
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